樣品的采集和制備是確保檢測活動有效性的關鍵因素之一，農產品質量安全追溯系統的采樣的過程應確保抽樣工作的公正性和樣品的代表性、真實性。應按樣本數量大小，確定抽樣樣品數。抽取的樣品，應能充分地代表該批次產品的特征。
1農產品質量安全追溯系統的抽樣原則
1.1隨機性
抽出的用以評定整批產品的樣品，應是不加任何選擇的，按隨機原則抽取。
1.2代表性
抽樣所得的樣品應具有足夠的代表性，應是以從整批產品中所取出的全部個別樣品(份樣)集成大樣來代表整批產品，不應以個別樣品(份樣)或單株或單個果實來代表整批。抽取混合樣品，不能以單株或單個果實作為抽取樣品。生產地抽樣時應避開病蟲害等非正常植株。
1.3可行性
抽樣的方法、使用的工具及樣品數量應是合理可行、切合實際的，符合樣品檢驗的要求，應在確保隨機性、代表性的基礎上做到快速、經濟、可操作性強。
1.4公正性
抽樣工作應在承擔任務的機構主持下完成，抽樣人員應親自到現場抽樣。受檢單位人員可陪同抽樣，但不應干擾已定抽樣方案的實施。

2抽樣準備
2.1抽樣方案的編制
根據抽檢任務的要求，制定抽樣方案，方案應包括：抽樣地點（區域、城市、抽樣點）、抽樣人員、抽樣時間、所抽樣品名稱和數量、抽樣程序、所抽樣品的包裝、處理和運輸。
2.2抽樣用品的準備
文件類：抽檢任務相關文件、抽樣工作單、記錄本、抽樣人員的工作證件等。
工具類：抽樣袋、保鮮袋、紙箱或冷藏箱、標簽、封條等，異地抽樣還要準備樣品縮分用無色聚乙烯砧板或木砧板，不銹鋼食品加工機或聚乙烯塑料食品加工機、高速組織分散機、不銹鋼刀、不銹鋼剪、旋蓋聚乙烯塑料瓶、具塞玻璃瓶等。保證用具潔凈、干燥、無異味，不會對樣品造成污染。
3抽樣地點
3.1生產基地
當蔬菜種植面積小于10ha時，每1ha～3ha設為一個抽樣單元；當蔬菜種植面積大于10ha，每3ha～5ha設為一個抽樣單元。
在蔬菜大棚中抽樣，每個大棚為一個抽樣單元。
每個抽樣單元內根據實際情況按對角線法、梅花點法、棋盤式法、蛇形法等方法采取樣品。
每個抽樣單元內抽樣點不應少于5點。
個體較大的樣品（如大白菜、結球甘藍），每點采樣量不應超過2個個體，個體較小的樣品（如櫻桃番茄），每點采樣量0.5 kg～0.7 kg。若采樣總量達不到規定的要求，可適當增加采樣個體。
每個抽樣點面積為1m2左右，隨機抽取該范圍內同一生產方式、同一成熟度的蔬菜作為檢測用樣品。
注：一個基地如大棚數量多，則抽取部分大棚作為抽樣單元。
3.2農產品質量安全追溯系統的生產企業
從樣品庫中隨機抽取。
3.3批發市場
散裝樣品：應視堆高不同從上、中、下分層取樣。
包裝產品：堆垛取樣時，在堆垛兩側的不同部位上、中、下過四角抽取相應數量的樣品。
3.4農貿市場和超市
同一攤位抽取的同一產地、同一種類蔬菜樣品為一個批次。為避免二次污染，盡可能從原包裝中取樣。
3.5注意事項
選擇抽樣地點時，首先應確定一個預定的抽樣點，同時還應確定一個備用抽樣點。在預定的抽樣點抽不到需要的樣品時，可以用與預定抽樣點大小相當、距離接近的備用抽樣點代替。抽樣點變更，應在抽樣工作單的備注中注明。
抽樣點的分布應在所抽區域的不同方位，相同名稱的超市原則上只抽一個。
4抽樣人員
抽樣人員應經過培訓，取得相應的資質。每一抽樣點抽樣人員不應少于2人。其中一人應具有抽樣工作經驗，負責對抽樣工作程序的具體實施及相關情況的協調處理。抽樣人員應態度端正，工作作風嚴謹。
5抽樣時間
5.1生產基地
根據不同蔬菜品種在其種植區域的成熟期來確定，抽樣應安排在蔬菜成熟期或蔬菜即將上市前進行，在噴施農藥安全間隔期內的樣品不要抽取。抽樣時間應選在上午的9時～11時或者下午15時～17時。下雨天不宜抽樣。
5.2批發市場
宜在批發或交易高峰時期抽樣。
5.3農貿市場和超市
宜在抽取批發市場樣品之前進行。
5.4生產企業
庫房中有樣品時抽樣。
5.5農產品質量安全追溯系統的注意事項
任何抽樣點在一個月內，某一種樣品的抽樣次數不能超過這種樣品計劃抽樣次數。假如一種樣品在一個月內、某一抽樣點抽取兩三次，那么每次抽樣時間要間隔幾天。
抽樣時間應注意避開法定節假日。
6抽樣量
按GB/T 8855規定執行。規定抽3 kg 的樣品允許抽樣量范圍為2.5 kg~3.5 kg，但抽樣量不應小于允許抽樣量范圍的下限。(http://www.lequmeng.cn/yiqizhantings7.html)